add dumb script to compile everything when boost isn't in /usr

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diff --git a/mgizapp/manual-compile/compile.sh b/mgizapp/manual-compile/compile.sh
index 47653c4..ca0abb0 100755
--- a/mgizapp/manual-compile/compile.sh
+++ b/mgizapp/manual-compile/compile.sh
@@ -4,48 +4,61 @@ BOOST_ROOT=/home/hieu/workspace/boost/boost_1_52_0/
 BOOST_LIBRARYDIR=/home/hieu/workspace/boost/boost_1_52_0/lib64/
 
 
-rm *.o libmgiza.a
-
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/alignment.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/AlignTables.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/ATables.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/collCounts.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/Dictionary.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/ForwardBackward.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/getSentence.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/hmm.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/HMMTables.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/logprob.cpp
-#g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/main.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model1.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model2.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model2to3.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model345-peg.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model3.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model3_viterbi.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/model3_viterbi_with_tricks.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/MoveSwapMatrix.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/myassert.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/NTables.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/Parameter.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/parse.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/Perplexity.cpp
-#g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/plain2snt.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/reports.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/SetArray.cpp
-#g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/snt2cooc.cpp
-#g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/snt2cooc-reduce-mem-preprocess.cpp
-#g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/snt2plain.cpp
-#g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/symal.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/transpair_model3.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/transpair_model4.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/transpair_model5.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/TTables.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/utility.cpp
-g++ -I$SRC_DIR -I$SRC_DIR/.. -c -fPIC $SRC_DIR/vocab.cpp
+rm *.o libmgiza.a d4norm hmmnorm mgiza plain2snt snt2cooc snt2cooc-reduce-mem-preprocess snt2plain symal mkcls
+
+g++ -I$SRC_DIR -I$BOOST_ROOT/include -c -fPIC   \
+ $SRC_DIR/alignment.cpp \
+ $SRC_DIR/AlignTables.cpp \
+ $SRC_DIR/ATables.cpp \
+ $SRC_DIR/collCounts.cpp \
+ $SRC_DIR/Dictionary.cpp \
+ $SRC_DIR/ForwardBackward.cpp \
+ $SRC_DIR/getSentence.cpp \
+ $SRC_DIR/hmm.cpp \
+ $SRC_DIR/HMMTables.cpp \
+ $SRC_DIR/logprob.cpp \
+ $SRC_DIR/model1.cpp \
+ $SRC_DIR/model2.cpp \
+ $SRC_DIR/model2to3.cpp \
+ $SRC_DIR/model345-peg.cpp \
+ $SRC_DIR/model3.cpp \
+ $SRC_DIR/model3_viterbi.cpp \
+ $SRC_DIR/model3_viterbi_with_tricks.cpp \
+ $SRC_DIR/MoveSwapMatrix.cpp \
+ $SRC_DIR/myassert.cpp \
+ $SRC_DIR/NTables.cpp \
+ $SRC_DIR/Parameter.cpp \
+ $SRC_DIR/parse.cpp \
+ $SRC_DIR/Perplexity.cpp \
+ $SRC_DIR/reports.cpp \
+ $SRC_DIR/SetArray.cpp \
+ $SRC_DIR/transpair_model3.cpp \
+ $SRC_DIR/transpair_model4.cpp \
+ $SRC_DIR/transpair_model5.cpp \
+ $SRC_DIR/TTables.cpp \
+ $SRC_DIR/utility.cpp \
+ $SRC_DIR/vocab.cpp
+
+gcc -c -fPIC $SRC_DIR/cmd.c
 
 ar rvs libmgiza.a *.o
 
-g++ -o d4norm -I$SRC_DIR  $SRC_DIR/d4norm.cxx ./libmgiza.a  -L$BOOST_LIBRARYDIR -lboost_system-mt -lboost_thread-mt -lpthread
+g++ -o d4norm $SRC_DIR/d4norm.cxx      -static -I$BOOST_ROOT -I$SRC_DIR -L. -lmgiza  -L$BOOST_LIBRARYDIR -lboost_system-mt -lboost_thread-mt -lpthread 
+
+g++ -o hmmnorm $SRC_DIR/hmmnorm.cxx    -static -I$BOOST_ROOT -I$SRC_DIR ./libmgiza.a  -L$BOOST_LIBRARYDIR -lboost_system-mt -lboost_thread-mt -lpthread 
+
+g++ -o mgiza $SRC_DIR/main.cpp         -static -I$BOOST_ROOT -I$SRC_DIR ./libmgiza.a  -L$BOOST_LIBRARYDIR -lboost_system-mt -lboost_thread-mt -lpthread 
+
+g++ -o plain2snt $SRC_DIR/plain2snt.cpp
+
+g++ -o snt2cooc  $SRC_DIR/snt2cooc.cpp 
+
+g++ -o snt2cooc-reduce-mem-preprocess $SRC_DIR/snt2cooc-reduce-mem-preprocess.cpp 
+
+g++ -o snt2plain $SRC_DIR/snt2plain.cpp 
+
+g++ -o symal $SRC_DIR/symal.cpp        -static -I$BOOST_ROOT -I$SRC_DIR ./libmgiza.a  -L$BOOST_LIBRARYDIR -lboost_system-mt -lboost_thread-mt -lpthread 
+
+g++ -I$SRC_DIR/mkcls  -o mkcls $SRC_DIR/mkcls/mkcls.cpp $SRC_DIR/mkcls/general.cpp $SRC_DIR/mkcls/KategProblemKBC.cpp $SRC_DIR/mkcls/KategProblem.cpp $SRC_DIR/mkcls/Problem.cpp $SRC_DIR/mkcls/ProblemTest.cpp $SRC_DIR/mkcls/IterOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/StatVar.cpp $SRC_DIR/mkcls/TAOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/SAOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/GDAOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/MYOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/RRTOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/HCOptimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/Optimization.cpp $SRC_DIR/mkcls/KategProblemWBC.cpp $SRC_DIR/mkcls/KategProblemTest.cpp